Учредителем некоммерческого акционерного общества «Западно-Казахстанский медицинский университет имени Марата Оспанова» является Правительство Республики Казахстан в лице Комитета государственного имущества и приватизации Министерства финансов Республики Казахстан. Право владения и пользования государственным пакетом акций в размере 100% от уставного капитала осуществляет Министерство здравоохранения Республики Казахстан — Единственный акционер.