Накануне 50-летнего юбилея вуза в 2007 году отдел клинической ординатуры, аспирантуры был переименован в отдел послевузовского профессионального образования.
Руководителем отдела послевузовского профессионального образования назначена доцент Нургалиева Роза Ергалеевна.
В связи с реформированием послевузовского медицинского и фармацевтического образования в 2009 году отделом проведена работа по получению государственной лицензии на право ведения образовательной деятельности по новым образовательным программам.
В 2010 учебном году отделом получена государственная лицензия на право обучения в магистратуре по специальностям «Медицина», «Общественное здравоохранение», «Медико-профилактическое дело».
В 2011 г. получены государственные лицензии на право обучения в резидентуре по хирургическим специальностям.
В 2012 г. университетом получена государственная лицензия на право ведения обучения по образовательным программам докторантуры PhD.
В сентябре 2013 года отдел послевузовского профессионального образования и факультет усовершенствования врачей объединены, в связи с этим переименован в деканат послевузовского и дополнительного образования.
В сентябре 2018 года в связи со структурными изменениями в управлении вуза деканат послевузовского и дополнительного образования преобразован в Департамент постдипломного профессионального образования, куда дополнительно включили отдел по трудоустройству.
В сентябре 2021 года Департамент постдипломного профессионального образования разделен на Деканат послевузовского образования, куда были включены два отдела интернатуры и резидентуры и Центр профессионального развития (дополнительное образование с трудоустройством).
Деканат послевузовского образования:
отдел интернатуры (11 кафедр );
отдел резидентуры (кураторы 43 программ резидентуры и ППС по специальностям резидентуры, Академический комитет по программам резидентуры).
Деканат послевузовского образования (ДПО) является структурным подразделением под управлением проректора по клинической работе Университета . ДПО курирует вопросы по организации и контролю учебного процесса интернов 6-7 курсов (934 интерна), 813 врачей – резидентов по 40 специальностям с сроками обучения 2-4 года; обеспечивает планирование и методическое обеспечение образовательного процесса по программам послевузовского образования в профильной интернатуре до 2019 года и после в интернатуре врача общей практики (ВОП).
Целью деятельности Деканата послевузовского образования является организация выполнения образовательных программ в соответствии ГОСО, ГОСР, учебных планов; методического обеспечения учебного процесса по всем курируемым образовательным программам; выездных практик в интернатуре на 7 курсе; практика ориентированного обучения врачей — резидентов на местных и региональных клинических базах; по потребности выполнение срочных программ резидентуры для перепрофилизации врачей; организовывает сотрудничество с ОУЗами более 5и областей РК, формирует институт клинического наставничества для реализации программ резидентуры. На текущий период пул клинических наставников, привлекаемых на клинических базах, более 150 человек с локацией на 78 клинических базах стационарного и поликлинического уровней
Декан послевузовского образования
Доктор медицинских наук, ассоциированный профессор Нургалиева Роза Ергалеевна – декан послевузовского образования.
Нургалиева Р.Е. выпускница АкГМИ 1986 года. После окончания института осталась работать на кафедре нормальной физиологии. Неоднократно повышала свою квалификацию в ведущих вузах России, Казахстана, Прибалтики и Малайзии, США. В 1997 году защитила кандидатскую диссертацию по нормальной физиологии в Москве, на базе Российского университета дружбы народов; переаттестована в ученой степени кандидата медицинских наук в 1998 году в ВАКе МОН РК; в 2001 году присвоено ученое звание доцента. В 2010 году защитила докторскую диссертацию на тему «Эколого-физиологические особенности адаптации детей младшего школьного возраста». В 2011 году решением Комитета по контролю в сфере образования и науки МОН РК присуждена ученая степень доктора медицинских наук.
Автор более 200 научных публикаций и тезисов в научных медицинских изданиях Казахстана, СНГ и зарубежья; в изданиях с ненулевым импакт фактором базы Scopus; являлась исполнителем НТП с финансированием от МОН РК; автором и соавтором учебных и учебно-методических пособий по нормальной физиологии; монографий по научным исследованиям; автором двух научных запатентованных изобретений; подготовила 1 кандидата медицинских наук; 4 магистров; 1 PhD доктора «Медицина», выполняет научное консультацию у 2х обучаемых PhD докторантов. Нургалиева Р.Е. назначена Председателем общей научной проблемной комиссии университета с 2021 года . Она является членом редакционной коллегии в изданиях : Батыс Қазақстан медицина журналы и международного научного журнала РФ «Вестник психофизиологии». Роза Ергалеевна имеет грамоты и благодарственные письма от руководства университета, МЗ РК, Мажилиса парламента РК; отмечена нагрудными знаками «Денсаулық сақтау ісінің үздігі» и «Денсаулық сақтау ісіне қосқан үлесі үшін».