Сапа менеджменті жүйесі (СМЖ) – университете сапаның жалпы басшылығын жүзеге асыруға қажетті ұйымдастырушылық құрылымдар, әдістемелер мен ресурстар жиынтығы. Ол университетті басқару жүйесінің тік және көлбеу деңгейлерінің құрамдас бөлігі болып табылады және өмірлік циклінің барлық кезеңдерін қамтиды.
Университетте СМЖ-нің жұмыс жасауы өндірілетін өнім сапасының және/немесе көрсетілетін қызметтердің кепілі болып табылады. Күш-жігерін сапа Саясаты мен Мақсаттарын іске асыруға бағыттаған сапа бөлімі (қазіргі таңда – Сапа қызметі) 2006 жылдан бастап өз жұмысын бастады.
Университеттің сапа менеджменті жүйесінің тиімді жұмыс жасауы жыл сайынғы тексеру және үш жылда бір рет қайта сертификаттау (2009, 2012, 2015, 2018, 2021, 2024ж.) аудиттерінің нәтижелерімен расталады.
«Марат Оспанов атындағы Батыс Қазақстан медицина университеті» КеАҚ-ның СМЖ қолданыста, тұрақты жақсарту қағидасына сәйкес келесі салалар бойынша дамуда: жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі кәсіптік білімді мамандар дайындау саласында білім беруге; жоғары және орта медициналық және фармацевтикалық білімді кадрларды қайта дайындау және біліктіліктерін арттыру саласында қосымша кәсіптік білім беруге, жоғарғы оқу орындары студенттерін әскери даярлауға; медициналық қызметтерге, оның ішінде алдын алу, кеңес беру, диагностикалық, емдеу, реабилитациялау; теориялық, эксперименталдық, клиникалық медицина саласында фундаменталді және қолданбалы ғылыми-зерттеу жұмыстары.